Existe una orden de aprehensión contra el tesorero por su presunta responsabilidad en el delito de delincuencia organizada y operaciones con recursos de procedencia ilícita.
El 22 de noviembre de 1995, 'El Chapo' fue trasladado al penal de máxima seguridad de Puente Grande, Jalisco, para cumplir una condena de 20 años de cárcel por los delitos de delincuencia organizada y contra la salud.
La FGR imputó al presidente del patronato de la Universidad de Hidalgo y demás involucrados de utilizar una empresa fachada para esconder recursos de la mencionada casa de estudios.